El padre de Saudek era judío y esto añadido a su herencia Eslava (Checa), ocasionó que su familia fuera blanco de los Nazis. Muchos de los miembros de su familia murieron en el campo de concentración Theresienstadt durante la Segunda Guerra Mundial. Jan y su hermano Karel fueron retenidos en un campo de concentración para niños localizado cerca de la ahora frontera con Polonia y la República Checa. Su padre Gustav fue deportado al gueto Theresienstadt en Febrero 1945. Ambos hijos y su padre sobrevivieron la guerra.
En 1990 es nombrado Caballero de la Artes y las Letras por el Ministerio de Cultura de Francia y en 2006 es galardonado en su propio país con el Premio Artis Bohemiae Amicis junto a Milan Kundera y Vladimír Körner por contribuir a la reputación artística de la República Checa.
Saudek actualmente vive y trabaja en Praga. Su hermano Karel Saudek también es artista y es ahora el novelista gráfico Checo más conocido.
Su trabajo más conocido es por colorear a mano sus fotografías, de mundos oníricos pictóricos, a menudo habitados por figuras desnudas o semi-desnudas rodeadas de paredes de yeso o telones pintados, con frecuencia la reutilización de elementos idénticos (por ejemplo, un cielo nublado o una vista del puente de Carlos de Praga). En esto se hacen eco los trabajos del estudio y tableaux de los fotógrafos eróticos de mediados del siglo XIX, así como las obras del pintor Balthus y la obra de Bernard Faucon. Su temprana fotografía artística se caracteriza por su evocación de la infancia. Más tarde sus obras retratan a menudo la evolución de niño a adulto (re-fotografiar la misma composición / pose, y con los mismos sujetos durante muchos años). Motivos religiosos o la ambigüedad entre el hombre y la mujer también han sido algunos de los temas recurrentes de Jan Saudek. Su obra ha sido objeto de intentos de censura en Occidente durante la década de 1990.
Algunas de las obras de Jan Saudek han entrado en la cultura popular en Occidente, que se utiliza como cubiertas para los álbumes de Anorexia Nervosa (New Obscurantis Order), Soul Asylum (Grave Dancers Union), Daniel Lanois (For the Beauty of Wynona), y Beautiful South (Welcome to the Beautiful South).
La fotografía de Jan Saudek: Black Sheep & White Crow , que cuenta con una chica semidesnuda impúber se retiró de la Ballarat Internacional Foto Bienal en la víspera de su inauguración el 21 de agosto de 2011, tras reclamos de prostitución infantil.
